ヤツメウナギ目
ヤツメウナギ科
スナヤツメ北方種 Lethenteron sp. 1 - 絶滅危惧II類 絶滅危惧II類 1999年版では「スナヤツメL. reissneri」で評価した。
スナヤツメ南方種 Lethenteron sp. 2 - 絶滅危惧II類 絶滅危惧II類 1999年版では「スナヤツメLethenteron reissneri」で評価した。
カワヤツメ Lethenteron japonicum - - 絶滅危惧II類
シベリアヤツメ Lethenteron kessleri 希少種 準絶滅危惧 準絶滅危惧
栃木県のミツバヤツメ Entosphenus tridentatus - 情報不足 地域個体群 1999年版では「ミツバヤツメ」で評価した。
ユウフツヤツメ Lampetra tridentata 希少種 - -
チョウザメ目
チョウザメ科
チョウザメ Acipenser medirostris - - 絶滅
ウナギ目
ウナギ科
ウナギ Anguilla japonica - - 情報不足
ニューギニアウナギ Anguilla bicolor pacifica - - 情報不足
ウツボ科
コゲウツボ Uropterygius concolor - - 絶滅危惧IA類
ナミダカワウツボ Echidna rhodochilus - - 絶滅危惧IA類
ニシン目
カタクチイワシ科
エツ Coilia nasus 希少種
地域個体群 絶滅危惧II類 絶滅危惧II類 1991年版では「エツ」と「佐賀県六角川のエツ個体群」に分けて評価した。
ニシン科
ドロクイ Nematalosa japonica - - 絶滅危惧IB類
太平洋側湖沼系群のニシン Clupea pallasii - - 地域個体群
コイ目
ドジョウ科
スジシマドジョウ小型種山陽型 Cobitis sp., S San-yo form - 絶滅危惧IB類 絶滅危惧IA類 1999年版では「スジシマドジョウ小型種」で評価した。
アユモドキ Leptobotia curta 絶滅危惧種 絶滅危惧IA類 絶滅危惧IA類
イシドジョウ Cobitis takatsuensis - 絶滅危惧IB類 絶滅危惧IB類
ヒナイシドジョウ Cobitis shikokuensis - 絶滅危惧IB類 絶滅危惧IB類 1999年版では「イシドジョウ」に含められていた（2006年11月に新種記載）。
スジシマドジョウ大型種 Cobitis sp. L - 絶滅危惧II類 絶滅危惧IB類
スジシマドジョウ小型種東海型 Cobitis sp., S Tokai form - 絶滅危惧IB類 絶滅危惧IB類 1999年版では「スジシマドジョウ小型種」で評価した。
スジシマドジョウ小型種琵琶湖型（淀川個体群を含む） Cobitis sp., S Biwako form - 絶滅危惧IB類 絶滅危惧IB類 1999年版では「スジシマドジョウ小型種」で評価した。
スジシマドジョウ小型種山陰型 Cobitis sp., S San-in form - 絶滅危惧IB類 絶滅危惧IB類 1999年版では「スジシマドジョウ小型種」で評価した。
スジシマドジョウ小型種九州型 Cobitis sp., S Kyushu form - 絶滅危惧IB類 絶滅危惧IB類 1999年版では「スジシマドジョウ小型種」で評価した。
エゾホトケドジョウ Lefua nikkonis - 絶滅危惧II類 絶滅危惧IB類
ホトケドジョウ Lefua echigonia - 絶滅危惧IB類 絶滅危惧IB類
ナガレホトケドジョウ Lefua sp. - 絶滅危惧IB類 絶滅危惧IB類
アジメドジョウ Niwaella delicata - 地域個体群 絶滅危惧II類 1999年版では「大阪府のアジメドジョウ」で評価した。
ヤマトシマドジョウ Cobitis matsubarae - - 絶滅危惧II類
スジシマドジョウ中型種 Cobitis sp. M - - 絶滅危惧II類
コイ科
スワモロコ Gnathopogon elongatus suwae - 絶滅 絶滅
ミヤコタナゴ Tanakia tanago 絶滅危惧種 絶滅危惧IA類 絶滅危惧IA類
イチモンジタナゴ Acheilognathus cyanostigma - 絶滅危惧IB類 絶滅危惧IA類
イタセンパラ Acheilognathus longipinnis 絶滅危惧種 絶滅危惧IA類 絶滅危惧IA類
セボシタビラ Acheilognathus tabira nakamurae - 絶滅危惧II類 絶滅危惧IA類
ゼニタナゴ Acheilognathus typus 希少種 絶滅危惧IB類 絶滅危惧IA類
ニッポンバラタナゴ Rhodeus ocellatus kurumeus 絶滅危惧種 絶滅危惧IA類 絶滅危惧IA類
スイゲンゼニタナゴ Rhodeus atremius suigensis 絶滅危惧種 絶滅危惧IA類 絶滅危惧IA類
ヒナモロコ Aphyocypris chinensis 絶滅危惧種 絶滅危惧IA類 絶滅危惧IA類
シナイモツゴ Pseudorasbora pumila pumila 希少種 絶滅危惧IB類 絶滅危惧IA類
ウシモツゴ Pseudorasbora pumila subsp. 絶滅危惧種 絶滅危惧IA類 絶滅危惧IA類
アブラヒガイ Sarcocheilichthys biwaensis - 絶滅危惧IB類 絶滅危惧IA類
ホンモロコ Gnathopogon caerulescens - - 絶滅危惧IA類
ゲンゴロウブナ Carassius cuvieri - - 絶滅危惧IB類
ニゴロブナ Carassius auratus grandoculis - - 絶滅危惧IB類
タナゴ Acheilognathus melanogaster - 準絶滅危惧 絶滅危惧IB類
シロヒレタビラ Acheilognathus tabira tabira - - 絶滅危惧IB類
山陰地方のアカヒレタビラ Acheilognathus tabira subsp. - 地域個体群 絶滅危惧IB類
カゼトゲタナゴ Rhodeus atremius atremius - 絶滅危惧II類 絶滅危惧IB類
ワタカ Ischikauia steenackeri - - 絶滅危惧IB類
カワバタモロコ Hemigrammocypris rasborella 地域個体群 絶滅危惧IB類 絶滅危惧IB類 1991年版では「静岡県のカワバタモロコ個体群」で評価した。
ウケクチウグイ Tribolodon nakamurai 危急種 絶滅危惧IB類 絶滅危惧IB類
ハス Opsariichthys uncirostris uncirostris - - 絶滅危惧II類
ツチフキ Abbottina rivularis - - 絶滅危惧II類
デメモロコ Squalidus japonicus japonicus - - 絶滅危惧II類
キンブナ Carassius auratus subsp. 2 - - 準絶滅危惧
ヤリタナゴ Tanakia lanceolata - - 準絶滅危惧
アブラボテ Tanakia limbata - - 準絶滅危惧
ヤチウグイ Phoxinus percnurus sachalinensis - 準絶滅危惧 準絶滅危惧
カワヒガイ Sarcocheilichthys variegatus - - 準絶滅危惧
スゴモロコ Squalidus chankaensis biwae - - 準絶滅危惧
フナ属の1種（沖縄諸島産） Carassius sp. - - 情報不足
ナガブナ Carassius auratus subsp. 1 - - 情報不足
ヤマナカハヤ Phoxinus lagowskii yamamotis - 情報不足 情報不足
琵琶湖のコイ野生型 Cyprinus carpio - - 地域個体群
本州日本海側のマルタウグイ Tribolodon brandti - - 地域個体群
東北地方のエゾウグイ Tribolodon sachalinensis - - 地域個体群
ナマズ目
ギギ科
ネコギギ Pseudobagrus ichikawai 絶滅危惧種 絶滅危惧IB類 絶滅危惧IB類
ギバチ Pseudobagrus tokiensis - 絶滅危惧II類 絶滅危惧II類
アリアケギバチ Pseudobagrus aurantiacus 絶滅危惧種 準絶滅危惧 準絶滅危惧 1991年版では「九州産ギバチ P. sp. 」で評価した。
アカザ科
アカザ Liobagrus reini 地域個体群 絶滅危惧II類 絶滅危惧II類 1991年版では「九州のアカザ個体群」で評価した。
ナマズ科
イワトコナマズ Silurus lithophilus - - 準絶滅危惧
サケ目
サケ科
クニマス Oncorhynchus nerka kawamurae 絶滅種 絶滅 絶滅 2010年、西湖にて生息を確認。
ベニザケ（ヒメマス） Oncorhynchus nerka nerka - - 絶滅危惧IA類
イトウ Hucho perryi 危急種 絶滅危惧IB類 絶滅危惧IB類
オショロコマ Salvelinus malma krascheninnikovi 希少種 準絶滅危惧 絶滅危惧II類
ミヤベイワナ Salvelinus malma miyabei 希少種 準絶滅危惧 絶滅危惧II類
ゴギ Salvelinus leucomaenis imbrius 危急種 地域個体群 絶滅危惧II類 1999年版では「西中国地方のイワナ（ゴギ）」で評価した。
サクラマス（ヤマメ） Oncorhynchus masou masou - - 準絶滅危惧
サツキマス（アマゴ） Oncorhynchus masou ishikawae 絶滅危惧種 - 準絶滅危惧
ビワマス Oncorhynchus masou subsp. 希少種 準絶滅危惧 準絶滅危惧
ニッコウイワナ Salvelinus leucomaenis pluvius - - 情報不足
紀伊半島のヤマトイワナ（キリクチ） Salvelinus leucomaenis japonicus 絶滅危惧種 地域個体群 地域個体群 1991年版では「キリクチ」で評価した。
イワメ Oncorhynchus iwame 絶滅危惧種 - -
キュウリウオ目
アユ科
リュウキュウアユ Plecoglossus altivelis ryukyuensis 絶滅危惧種 絶滅危惧IA類 絶滅危惧IA類
シラウオ科
アリアケシラウオ Salanx ariakensis 絶滅危惧種 絶滅危惧IA類 絶滅危惧IA類
アリアケヒメシラウオ Neosalanx reganius 絶滅危惧種 絶滅危惧IA類 絶滅危惧IA類
キュウリウオ科
イシカリワカサギ Hypomesus olidus - 情報不足 準絶滅危惧
襟裳岬以西のシシャモ Spirinchus lanceolatus - - 地域個体群
タウナギ目
タウナギ科
タウナギ Cestraeus plicatilis 地域個体群 地域個体群 絶滅危惧IB類 1999年版までは、沖縄島のタウナギで評価。
ボラ目
ボラ科
カワボラ Cestraeus plicatilis - - 絶滅危惧IA類
ナガレフウライボラ Crenimugil heterocheilos - 絶滅危惧II類 絶滅危惧IB類
アンピンボラ Chelon subviridis - - 情報不足
オニボラ Ellochelon vaigiensis - - 情報不足
カマヒレボラ Moolgarda pedaraki - - 情報不足
モンナシボラ Moolgarda engeli - - 情報不足
ダツ目
メダカ科
メダカ北日本集団 Oryzias latipes subsp. 地域個体群 絶滅危惧II類 絶滅危惧II類 1991年版では「沖縄のメダカ個体群」で、1999年版では種「メダカ」で評価した。
メダカ南日本集団 Oryzias latipes latipes 地域個体群 絶滅危惧II類 絶滅危惧II類 1991年版では「沖縄のメダカ個体群」で、1999年版では種「メダカ」で評価した。
サヨリ科
コモチサヨリ Zenarchopterus dunckeri - - 準絶滅危惧
クルメサヨリ Hyporhamphus intermedius - - 準絶滅危惧
トゲウオ目
トゲウオ科
ミナミトミヨ Pungitius kaibarae 絶滅種 絶滅 絶滅
ハリヨ Gasterosteus aculeatus leiurus 危急種 地域個体群 絶滅危惧IA類 1999年版では「福島以南の陸封イトヨ類（ハリヨを含む）」で評価した。
ムサシトミヨ Pungitius sp. 1 絶滅危惧種 絶滅危惧IA類 絶滅危惧IA類
トミヨ属雄物型 Pungitius sp. 2 - 絶滅危惧IA類 絶滅危惧IA類 1999年版では「イバラトミヨ雄物型」で評価した。
トミヨ属汽水型 Pungitius sp. 3 - - 準絶滅危惧
エゾトミヨ Pungitius tymensis 希少種 準絶滅危惧 準絶滅危惧
福島県以南の陸封イトヨ太平洋型 Gasterosteus aculeatus aculeatus 地域個体群 地域個体群 地域個体群 1991年版では「福島県会津のイトヨ個体群（地域個体群）」及び「福井県大野盆地のイトヨ個体群（地域個体群）」で、1999年版では「福島以南の陸封イトヨ類（ハリヨを含む）」で評価した。
本州のイトヨ日本海型 Gasterosteus aculeatus aculeatus - - 地域個体群
本州のトミヨ属淡水型 Pungitius pungitius - - 地域個体群
ヨウジウオ目
ヨウジウオ科
ホシイッセンヨウジ Microphis (Coelonotus) argulus - - 絶滅危惧IA類
タニヨウジ Microphis (Lophocampus) retzii - - 絶滅危惧IA類
ヒメテングヨウジ Microphis (Oostethus) jagorii - - 絶滅危惧IA類
フグ目
フグ科
クサフグ takifugu niphobles - - 地域個体群
カサゴ目
ハオコゼ科
アゴヒゲオコゼ Tetraroge barbata - - 絶滅危惧IA類
ヒゲソリオコゼ Tetraroge niger - - 絶滅危惧IA類
カジカ科
ヤマノカミ Trachidermus fasciatus 危急種 絶滅危惧II類 絶滅危惧IB類
カジカ小卵型 Cottus reinii - 絶滅危惧II類 絶滅危惧IB類 1999年版では和名は「ウツセミカジカ」。
カジカ中卵型 Cottus sp. - - 絶滅危惧IB類
カマキリ（アユカケ） Cottus kazika - - 絶滅危惧II類
カジカ大卵型 Cottus pollux - - 準絶滅危惧
東北・北陸地方のカンキョウカジカ Cottus hangiongensis - - 地域個体群
東北地方のハナカジカ Cottus nozawae - 地域個体群 地域個体群