海綿動物門
普通海綿綱
ザラカイメン目
ヤワカイメン Stratospongilla clementis - - 準絶滅危惧
オオツカイメン Spongilla inarmata - 情報不足 情報不足
ホウザワカイメン Radiospongilla hozawai - 情報不足 情報不足
アカンコカイメン Stratospongilla akanensis - - 情報不足
ハケカイメン Pectispongilla subspinosa - - 情報不足
刺胞動物門
ヒドロムシ綱
ヒドロムシ目
イセマミズクラゲ Microhydra iseana - 情報不足 情報不足
扁形動物門
渦虫綱（ウズムシ綱）
ウズムシ目
カブトガニウズムシ Ectoplana limuli 希少種 絶滅危惧I類 絶滅危惧I類
イズウズムシ Dugesia izuensis 希少種 絶滅危惧I類 絶滅危惧I類
カントウイドウズムシ Phagocata papillifera 希少種 絶滅危惧I類 絶滅危惧I類
キョウトウズムシ Dendrocoelopsis kishidai 希少種 絶滅危惧I類 絶滅危惧I類
ビワオオウズムシ Bdellocephala annandalei - - 絶滅危惧I類
ソウヤイドウズムシ Phagocata albata - 絶滅危惧II類 絶滅危惧II類
ホクリクホソウズムシ Phagocata suginoi - 絶滅危惧II類 絶滅危惧II類
ヒダカホソウズムシ Phagocata tenella - 絶滅危惧II類 絶滅危惧II類
環形動物門
蛭綱（ヒル綱）
ヒルミミズ目
アオモリザリガニミミズ Cirrodrilus aomorensis - - 絶滅危惧II類
カムリザリガニミミズ Cirrodrilus cirratus - - 絶滅危惧II類
エゾザリガニミミズ Cirrodrilus ezoensis - - 絶滅危惧II類
ホソザリガニミミズ Cirrodrilus homodontus - - 絶滅危惧II類
イヌカイザリガニミミズ Cirrodrilus inukaii - - 絶滅危惧II類
ヒメザリガニミミズ Cirrodrilus makinoi - - 絶滅危惧II類
オオアゴザリガニミミズ Cirrodrilus megalodentatus - - 絶滅危惧II類
ニッポンザリガニミミズ Cirrodrilus nipponicus - - 絶滅危惧II類
ザリガニミミズ Cirrodrilus sapporensis - - 絶滅危惧II類
ツガルザリガニミミズ Cirrodrilus tsugarensis - - 絶滅危惧II類
ウチダザリガニミミズ Cirrodrilus uchidai - - 絶滅危惧II類
ウオビル目
イカリビル Ancyrobdella biwae - 情報不足 情報不足
ミドリビル Ancyrobdella smaragdina - - 情報不足
イボビル Hemiclepsis japonica - - 情報不足
ヌマエラビル Ozobranchus jantseanus - - 情報不足
スクナビル Oligobdella orientalis - - 情報不足
タゴビル（新称） Oligobdella tagoi - - 情報不足
貧毛綱（ミミズ綱）
ナガミミズ目
ハッタミミズ Drawida hattamimizu - - 準絶滅危惧
節足動物門
甲殻綱（エビ綱）
エビ目
オガサワラヌマエビ Paratya boninensis - - 絶滅危惧I類
トカシキオオサワガニ Geothelphusa levicervix 危急種 絶滅危惧II類 絶滅危惧I類 2000年までは「オオサワガニ」で評価した。
ミヤコサワガニ Geothelphusa miyakoensis - 絶滅危惧I類 絶滅危惧I類
センカクサワガニ Geothelphusa shokitai - - 絶滅危惧I類
ヒメユリサワガニ Geothelphusa tenuimanus 危急種 絶滅危惧I類 絶滅危惧I類
ウリガーテナガエビ Macrobrachium miyakoense - - 絶滅危惧II類
ネッタイテナガエビ Macrobrachium placidulum 希少種 絶滅危惧II類 絶滅危惧II類
ドウクツヌマエビ Antecaridina lauensis 危急種 絶滅危惧II類 絶滅危惧II類
チカヌマエビ Halocaridinides trigonophthalma 希少種 準絶滅危惧 絶滅危惧II類
イシガキヌマエビ Neocaridina ishigakiensis 希少種 絶滅危惧II類 絶滅危惧II類
ニホンザリガニ Cambaroides japonicus 地域個体群 絶滅危惧II類 絶滅危惧II類 1991年版では「秋田県のザリガニ個体群」で評価した。
サキシマオカヤドカリ Coenobita perlatus 希少種 絶滅危惧II類 絶滅危惧II類
ヤシガニ Birgus latro - 絶滅危惧II類 絶滅危惧II類
シオマネキ Uca arcuata 希少種 準絶滅危惧 絶滅危惧II類
ハクセンシオマネキ Uca lactea 希少種 準絶滅危惧 絶滅危惧II類
オガサワラモクズガニ Eriocheir ogasawaraensis - - 絶滅危惧II類
アラモトサワガニ Geothelphusa aramotoi 危急種 絶滅危惧II類 絶滅危惧II類
オキナワオオサワガニ Geothelphusa grandiovata 危急種 絶滅危惧II類 絶滅危惧II類 2000年までは「オオサワガニ」で評価した。
イヘヤオオサワガニ Geothelphusa iheya 危急種 絶滅危惧II類 絶滅危惧II類 2000年までは「オオサワガニ」で評価した。
クメジマオオサワガニ Geothelphusa kumejima 危急種 絶滅危惧II類 絶滅危惧II類 2000年までは「オオサワガニ」で評価した。
アマミミナミサワガニ Amamiku amamensis 希少種 準絶滅危惧 絶滅危惧II類
クメジマミナミサワガニ Candidiopotamon kumejimense 危急種 絶滅危惧II類 絶滅危惧II類
オハグロテッポウエビ Metabetaeus minutus - 絶滅危惧II類 準絶滅危惧 1991年版では「ドウクツテッポウエビMetabetaeus lohena」で評価した。
オガサワラコテナガエビ Palaemon ogasawaraensis 危急種 絶滅危惧II類 準絶滅危惧
ツブテナガエビ Macrobrachium gracilirostre 希少種 準絶滅危惧 準絶滅危惧
ヒラアシテナガエビ Macrobrachium latidactylus 希少種 準絶滅危惧 準絶滅危惧
ショキタテナガエビ Macrobrachium shokitai 希少種 準絶滅危惧 準絶滅危惧
ミナミオニヌマエビ Atyoida pilipes 希少種 準絶滅危惧 準絶滅危惧
マングローブヌマエビ Caridina propinqua 希少種 準絶滅危惧 準絶滅危惧
サキシマヌマエビ Caridina rapaensis 希少種 準絶滅危惧 準絶滅危惧
アシナガヌマエビ Caridina rubella 希少種 準絶滅危惧 準絶滅危惧
イリオモテヌマエビ Neocaridina iriomotensis - - 準絶滅危惧
オオナキオカヤドカリ Coenobita brevimanus 希少種 準絶滅危惧 準絶滅危惧
コムラサキオカヤドカリ Coenobita violascens 希少種 準絶滅危惧 準絶滅危惧
ヤエヤマヤワラガニ Neorhynchoplax yaeyamaensis - - 準絶滅危惧
カワスナガニ Deiratonotus japonicus 希少種 情報不足 準絶滅危惧
コウナガカワスナガニ Moguai elongatum - - 準絶滅危惧
ヨウナシカワスナガニ Moguai pyriforme - - 準絶滅危惧
ハラグクレチゴガニ Ilyoplax deschampsi 希少種 情報不足 準絶滅危惧
ヨツハヒライソモドキ Ptychognathus takahashii 希少種 情報不足 準絶滅危惧
オキナワヒライソガニ Gaetice ungulatus 希少種 情報不足 準絶滅危惧
ミカゲサワガニ Geothelphusa exigua - 準絶滅危惧 準絶滅危惧
ムラサキサワガニ Geothelphusa marginata marginata - 準絶滅危惧 準絶滅危惧
カッショクサワガニ Geothelphusa marginata fulva - - 準絶滅危惧
ミネイサワガニ Geothelphusa minei - 準絶滅危惧 準絶滅危惧
リュウキュウサワガニ Geothelphusa obtusipes 希少種 準絶滅危惧 準絶滅危惧
サカモトサワガニ Geothelphusa sakamotoana 希少種 準絶滅危惧 準絶滅危惧
オキナワミナミサワガニ Candidiopotamon okinawense 希少種 準絶滅危惧 準絶滅危惧
ヤエヤマヤマガニ Ryukyum yaeyamense 希少種 準絶滅危惧 準絶滅危惧
ヘリトリオカガニ Cardisoma rotundum 希少種 準絶滅危惧 準絶滅危惧
ムラサキオカガニ Gecarcoidea lalandii 希少種 準絶滅危惧 準絶滅危惧
ヒメオカガニ Epigrapsus notatus 希少種 情報不足 準絶滅危惧
イリオモテマメコブシガニ Philyra iriomotensis 希少種 情報不足 情報不足
カネココブシガニ Philyra kanekoi 希少種 情報不足 情報不足
アマミマメコブシガニ Philyra taekoae 希少種 情報不足 情報不足
アリアケヤワラガニ Elamenopsis ariakensis 希少種 情報不足 情報不足
ハチジョウヒライソモドキ Ptychognathus hachijyoensis 希少種 情報不足 情報不足
タイワンオオヒライソガニ Varuna yui 希少種 情報不足 情報不足
ドウクツモクズガニ Orcovita miruku - - 情報不足
ドウクツベンケイガニ Sesarmoides boholano - - 情報不足
コツノヌマエビ Neocaridina brevirostris 希少種 準絶滅危惧 -
トンダカワスナガニ Deiratonotus tondensis 希少種 情報不足 -
ヒラモクズガニ Utica borneensis 希少種 情報不足 -
タイワンサワガニ Geothelphusa candidiensis 希少種 - -
ミヤザキサワガニ Geothelphusa miyazakii 希少種 - -
ヒラツノヌマエビ Caridina acuminata 希少種 - -
ホソアシヌマエビ Caridina nilotica gracilipes 希少種 - -
ナガツノヌマエビ Caridina gracilirostris 希少種 - -
マングローブテッポウエビ Alpheus euthrosyne richardsoni 希少種 - -
オキナワヤマガニ Nanhaipotamon globosum 希少種 - -
リュウキュウヤワラガニ Elamenopsis filholi 希少種 - -
ケブカベンケイガニ Parasesarma vestitum 希少種 - -
ヨコエビ目
シオカワヨコエビ Paracalliope dichotomus - 絶滅危惧I類 絶滅危惧I類
アナンデールヨコエビ Jesogammarus annandalei - - 準絶滅危惧
ナリタヨコエビ Jesogammarus naritai 危急種 準絶滅危惧 準絶滅危惧
スワヨコエビ Jesogammarus (Annanogammarus) suwaensis 危急種 - -
ワラジムシ目
ホンドワラジムシ Hondoniscus kitakamiensis 希少種 絶滅危惧II類 絶滅危惧I類
オガサワラコツブムシ Gnorimosphaeroma boninense - - 絶滅危惧I類
ヒガタスナホリムシ Eurydice akiyamai - 絶滅危惧II類 絶滅危惧I類
ヒメコツブムシ Gnorimosphaeroma pulchellum - 情報不足 情報不足
倍脚綱（ヤスデ綱）
フサヤスデ目
シノハラフサヤスデ Polyxenus shinoharai 希少種 絶滅危惧I類 絶滅危惧I類
マルヤスデ目
ヤエヤママルヤスデ Spirobolus sp. - - 絶滅危惧II類
オビヤスデ目
リュウオビヤスデ Epanerchodus acuticlivus 絶滅危惧種 情報不足 情報不足
ホシオビヤスデ Epanerchodus aster 絶滅危惧種 情報不足 情報不足
剣尾綱（カブトガニ綱）
カブトガニ目
カブトガニ Tachypleus tridentatus - 絶滅危惧I類 絶滅危惧I類
蛛形綱（クモ形綱・クモ綱）
ダニ目
トキウモウダニ Compressalges nipponiae 絶滅危惧種 野生絶滅 野生絶滅
アシュウタマゴダニ Liacarus latilamellatus - 情報不足 情報不足
ザトウムシ目
クメコシビロザトウムシ Parabeloniscus shimojanai - 絶滅危惧II類 絶滅危惧II類
ヒトハリザトウムシ Psathyropus tenuipes - - 準絶滅危惧
テングザトウムシ Pygobunus okadai - 情報不足 情報不足
フセブラシザトウムシ Sabacon distinctus - 情報不足 情報不足
アワマメザトウムシ Acropsopilio boopis - 情報不足 情報不足
サドスベザトウムシ Leiobunum sadoense - 情報不足 情報不足
シロウマスベザトウムシ Leiobunum simplum - 情報不足 情報不足
ムニンザトウムシ Verpulus boninensis - 情報不足 情報不足
ムニンセグロザトウムシ Verpulus similis - 情報不足 情報不足
ミナトザトウムシ Hologagrella minatoi - 情報不足 情報不足
アカスベザトウムシ Leiobunum rubrum - 情報不足 情報不足
カニムシ目
テナガカニムシ Metagoniochernes tomiyamai - 情報不足 情報不足
クモ目
イツキメナシナミハグモ Cybaeus itsukiensis - 絶滅危惧I類 絶滅危惧I類
キムラグモ（広義） Heptathela kimurai sensu lato - 絶滅危惧II類 絶滅危惧II類 2000年版では「キムラグモ類」で評価した。
オキナワキムラグモ（広義） Ryuthela nishihirai sensu lato - 絶滅危惧II類 絶滅危惧II類 2000年版では「キムラグモ類」で評価した。
フジホラヒメグモ Nesticus uenoi 危急種 絶滅危惧II類 絶滅危惧II類
マツダタカネオニグモ Aculepeira matsudae - 絶滅危惧II類 絶滅危惧II類
ミズグモ Argyroneta aquatica 希少種 絶滅危惧II類 絶滅危惧II類
イソコモリグモ Lycosa ishikariana - 絶滅危惧II類 絶滅危惧II類
カネコトタテグモ Antrodiaetus roretzii - 準絶滅危惧 準絶滅危惧
キシノウエトタテグモ Latouchia typica 希少種 準絶滅危惧 準絶滅危惧
キノボリトタテグモ Ummidia fragaria 希少種 準絶滅危惧 準絶滅危惧
ワスレナグモ Calommata signata - 準絶滅危惧 準絶滅危惧
ダイセツカニグモ Xysticus daisetsuzanus - 準絶滅危惧 準絶滅危惧
ハラナガカヤシマグモ Filistata longibentris - 情報不足 情報不足
ドウシグモ Doosia japonica - 情報不足 情報不足
ヤマトウシオグモ Desis japonica - 情報不足 情報不足
アシマダラコモリグモ Alopecosa hokkaidensis - 情報不足 情報不足
エダイボグモ Cladothela boninensis - 情報不足 情報不足
触手動物門
コケムシ綱
被喉目
アユミコケムシ Cristatella mucedo 絶滅危惧種 絶滅危惧II類 情報不足
カンテンコケムシ Asajirella gelatinosa 希少種 準絶滅危惧 -
ヒメテンコケムシ Lophopodella carteri 希少種 準絶滅危惧 -